故事發生在被天牆分為三塊的假面騎士BUILD的世界，竟然出現了假面騎士EX-AID世界的敵人缺陷者病毒而展開冒險。為何不該出現在這的敵人會來到這世界…？面對神祕敵人而毫無應對方法的戰兔，一個身體半邊被金屬覆蓋的神祕男人出現在他眼前。
　　自稱為科學家的男人啟動了巨大的機器，上空竟出現了倒立的另一個地球。另一邊，EX-AID的世界也發生同樣的狀況。有天牆的世界正逐漸的墜入到EX-AID的世界上，距離兩個世界衝突碰撞的時間還剩下…二十四小時。
　　世界末日的倒數計時開始了。面對前所未有的危機，能拯救他們的唯有…那群戰士們。完全凌駕於前作之上的張力，耳目一新的動作場面，沒有交集的英雄們在此集結。謎團重重的故事正等著各位揭開神秘面紗！