在日本織田信長掌權時期，天主教教士赴日傳教，使得許多日本人民信奉天主教，但16世紀之後，日本卻改變以往政策，開始迫害天主教，到了17世紀德川幕府時代，更決定將所有天主教神職人員驅逐出境，實施禁止傳教士來日傳教的「禁教令」，信徒被迫宣告棄教、更改信仰，更甚者會被流放海外。
　　就在這艱難的時代，兩位葡萄牙耶穌會教士洛特里哥（安德魯加菲爾 飾）和卡爾倍（亞當崔佛 飾）聽聞在日本定居三十多年的費雷拉神父（連恩尼遜 飾）在長崎遭受嚴刑逼迫，宣告棄教，兩人不相信自己敬重的教長會背叛教會，決定前往日本調查事情真相。
　　在流放海外的日本人吉次郎（窪塚洋介 飾）協助之下，兩人潛入長崎一座暗地裡仍信奉天主教的小村莊，卻發現當地官員為了驅除秘密教徒，會強迫可疑人士腳踏聖像以表心跡，不從者就會施以「穴吊」致死，還目睹誓不屈服的信徒被迫慘烈「殉教」。後來，兩人被抓，面對威脅恫嚇的日本官員，兩人卻做出了不同選擇，這時，失蹤已久的費雷拉神父竟然出現了……。