改編自熱門漫畫並由三位當紅花美男主演的《偉大的隱藏者》劇情描述北韓的南派組織5446部隊，該部隊每兩萬人中挑選一人，訓練嚴格，菁英薈萃。

其中最出色的菁英要員元流換（金秀賢 飾）、國家高層幹部的兒子李海浪（朴基雄 飾），以及北韓史上最年輕的南派間諜李海真（李玹雨 飾），三人秉承著「祖國統一」的偉大信念來到南韓，一個偽裝成貧民區的傻子，一個變身立志當歌手的青年，一個成了高中生。祖國一方面進行愛國教育，一方面又掌握資源逼迫他們不敢背叛。

在陌生的城市，許多沒有任務的日子裡，他們親身經歷了最底層的苦難生活，感慨良多。任務完成後，他們會是最幸福的人民嗎？