失去記憶的傑森包恩(麥特戴蒙)在受到美國情治單位的孤立之後，成為一個沒有國家也沒有過去的獨行俠，但是幸好他並沒有忘記曾經受過的嚴格訓練。他曾是中情局訓練出來最頂尖的職業殺手，現在則成為中情局最難追捕的對象。自從上次他的摯愛瑪莉(法蘭克波丹特)被職業殺手一槍斃命後，他就展開一場跨國的報復行動。當他終於找到了兇手，也完成了這場驚心動魄的報復行動，他只想從此永遠消失，並忘記他被奪走的人生和過去，但是當一份倫敦報紙的頭版新聞揭發他的存在之後，他又發現自己成為暗殺對象。負責訓練出超級職業殺手的高機密絆腳石計劃早已被取消，中情局這次和國防部合作，進行一個被稱為「黑薔薇」的計劃，目的是訓練出新一代的職業殺手，讓政府在國內外進行高機密的暗殺行動。對他們來說，包恩是最大的心腹之患，他們必須不擇手段消滅他。對包恩來說，他們則是和他急欲忘卻的過去的唯一聯繫。這次包恩被逼得走投無路，於是他決定完全豁出去，不再手下留情，他將運用他的高超本領和敏銳直覺揪出幕後黑手，把他們完全消滅。他這次的行動將從莫斯科、巴黎和馬德里，一直到倫敦和丹吉爾，一邊逃避黑薔薇計劃派出來的殺手、聯邦探員和當地警方的追捕，一邊企圖找出在他腦海揮之不去的問題的解答。